Cristian Borja despontou no Cortuluá (Colômbia), que em janeiro de 2016 o emprestou ao Independiente Santa Fé. Foi nesta fase que se tornou internacional sub-23 pelo seu país, tendo inclusive marcado presença, no verão seguinte, nos Jogos Olímpicos do Rio de Janeiro.

Em julho de 2017 regressou ao Cortuluá, que seis meses depois o tranferiu para o CD Toluca, do México, onde se afirmou como um dos melhores na sua posição. As boas exibições valeram-lhe uma dupla chamada à principal selecção colombiana e chegou este ano ao Sporting CP com vontade de mostar serviço no continente europeu.